Passerelle EDM voor nieuwe MASSIF beamlines

In less than three months of operation more than 6 million diffraction images have been collected from 4126 samples ranging from initial hits from crystallisation experiments to large-scale data set collection for drug discovery programmes.
The automatic routines developed are often able to locate crystals more effectively than the human eye and in many cases have obtained higher resolution data sets as all positions within a sample can be evaluated for diffraction quality.
Matthew Bowler, EMBL
Passerelle EDM and its graphical workflow models definitely make it easier for us to collaborate on the automation of our MX experiments. After a limited introduction, they become almost self-documenting.
The integration of Passerelle’s execution traces with its graphical models allows our scientists to understand in detail what happened in each step of each experimental run.
Andrew McCarthy, EMBL
My experience so far is so good that all workflows on all other MX beamlines (ID23EH1, ID23EH2, ID29, ID30A3 and BM14) have been moved to the BES / Passerelle EDM
Olof Svensson, ESRF
The workflow was consistent and accurate, with excellent centering,
Nora Cronin, Institute of Cancer Research
It is reassuring that the programs found a crystal we missed on the manual run
Bernhard Rupp, Innsbruck Medical University
The results [obtained] are currently causing excitement amongst a project team here,
Rob van Montfort, Institute of Cancer Research, UK
Initial experiments have been very successful, with users complimenting the accuracy, efficiency and simplicity of the facility.
Matthew Bowler, EMBL
ESRF (European Synchrotron Radiation Facility) en EMBL (European Molecular Biology Laboratory)
werken nauw samen in wetenschappelijk onderzoek, maar ook in het ontwerp en de uitvoering van
onderzoeks-infrastructuur en -software. Beide zijn gelegen op de Europese Photon & Neutron (EPN)
Science Campus in Grenoble, Frankrijk.

Passerelle workflows worden al enige tijd met succes gebruikt bij ESRF en EMBL op bestaande beamlines voor
macromoleculaire kristallografie (MX). Passerelle workflows werden geïmplementeerd voor gedeeltelijk geautomatiseerde MX experimenten en voor de analyse van de verkregen wetenschappelijke datasets. De opensource versie van de Passerelle Engine werd toen succesvol geïntegreerd in DAWN, gelinkt aan de MxCuBE controle GUI gebruikt door wetenschappers.

De ingebruikname van de nieuwe beamline MASSIF1 (Massively Automated Sample Selection Integrated Facility) in september 2014, was de start voor de volgende stap van automatisering.

[MASSIF1] offers a unique, fully automated service for sample evaluation and data collection from crystals of macromolecules. Users interact with the beamline by describing experimental requirements that are used by the beamline software to set data collection parameters and results are viewed via a database.”

De experimentele requirements die users vastleggen in het kader van de testen uitgevoerd op deze nieuwe beamline zijn zeer complex, dus de implementatie van een volledig uitgeruste en modulaire workflow-server om deze te beheren was essentieel.
Gezien de positieve ervaringen met Passerelle in het verleden, werd in dit kader eerst een piloot project uitgevoerd, in nauwe samenwerking tussen ESRF en iSencia Belgium. Na de succesvolle beëindiging ervan, werd Passerelle EDM geselecteerd als strategische MASSIF workflow-oplossing.

De volgende features van Passerelle EDM waren doorslaggevend voor de keuze van ESRF & EMBL:

  • Een robuuste en schaalbare server-gebaseerde workflow engine.
  • Een open platform, in staat om de volledige experiment cyclus te ondersteunen, van kristal uitlijning tot resultaten opslag in de LIMS database ISPyB.
  • Een rijke, teamgerichte webgebaseerde gebruikersinterface voor het bewerken van workflow-modellen, inclusief geavanceerde versiebeheer.
  • Grafische presentatie van de workflows maakt het ontwerpen en beheren van de flows door de wetenschappers gemakkelijk
  • Complete track & trace van de uitvoering van flows is onmisbaar voor het detecteren van de herkomst van resultaten, stap-voor-stap timing en informatie over fouten.
  • Eenvoudige integratie in de MxCuBE controle-omgeving via REST-gebaseerde web-services
  • Eenvoudige integratie binnen het EDNA kader en andere bestaande Python applicaties.
  • Klaar voor toekomstige use cases (o.a. regel gebaseerde analyse en decision processes)

 

Wie is ESRF (European Synchrotron Radiation Facility)

  • de meest krachtige synchrotron radiation bron in Europa
  • gelegen in Grenoble, Frankrijk, maar wordt ondersteund en gedeeld door 21 landen
  • jaarlijks enkele duizenden onderzoekers op bezoek om boeiende experimenten uit te voeren in een top wetenschappelijke omgeving

Wie is EMBL (European Molecular Biology Laboratory)

  • één van de meest vooraanstaande onderzoeksinstituten in de wereld
  • een intergouvernementele organisatie, bestaande uit meer dan 20 lidstaten, associate en prospect leden.
  • Europa’s vlaggenschip laboratorium voor de life sciences
2017-06-19T14:23:28+00:00 maart 31st, 2015|Blog, In de kijker|
iSencia Belgium NV
http://isencia.be/wp-content/uploads/2014/11/logo_klein_003.png
BE 0473 757 106
Automation of Knowledge Intensive Business Decisions
Knowledge Management
Decision Management
Business Intelligence
Data analysis
Big-Data Analysis
Troubleshooting Automation
IoT Automation
Beslissingsondersteuning
Robotic Process Automation
RPA
Kennisbeheer
Voorhavenlaan 31/11 9000
Ghent
Gent
Belgium
+32 9 335 22 10
info@isencia.be
Dirk Jacobs
Erwin De Ley